直播种植的桔梗2～3年后采收，采收应在秋季植株枯萎后或春季萌动前进行，当地一般在9月下旬至10月上旬4月中下旬采收。采收过早，根部营养物积累尚不充分，折干率低。
1.采收：采收时，割去地上茎叶，用特制的挖掘工具（铁叉）顺着根系的方向深挖，注意尽量不挖断、不伤皮，挖出全根后抖去泥土。
2.初加工：采收后，淘汰断根及伤病根，剪去地上部分，抖去泥土。采收的桔梗根，若食用则趁鲜时用瓷片刮去栓皮，洗净，晒干。注意刮皮后应及时晒干，否则易发霉变质或生黄色的锈色斑。若采收的桔梗入药，则不用刮皮，直接洗净，晒干，做切片。
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